1959年1月20日，经云南省编委批复，成立云南省气象科学研究所（省编[1959]5号），直属省气象局领导，作为全省天气、气候研究工作的中心。1962年11月，撤销云南省气象科学研究所，成立人控室。1963年4月，成立实验室。1973年4月，成立科研室。1978年12月，成立云南省气象局科技教育管理处(简称科教处)，负责全省气象部门的科技和教育管理工作，同时恢复云南省气象科学研究所。其是云南省气象局下属的直属事业单位，下设办公室、季风与气象灾害开放实验室、季风气候与环境变化研究中心、大气成分应用研究室、数值预报应用研究中心五个科级机构。
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承担气象科技创新、人才培养和大气成分轨道业务。 气象科技创新 气象科学研究和技术开发 大气成分观测资料分析应用和相关科研工作 气象计算机硬件系统应用与开发 气象科技情报服务 气象软科学研究
1、承担国家、部门下达的各项科研任务，积极开展符合本省特点及具有应用前景的专业性气象科学研究；
2、承担大气成分观测资料分析应用和相关科研工作；
3、建立开放式的科技创新研究实验室，开展季风与低纬高原天气气候研究工作；
4、承担气象科学研究和技术开发工作，构建科技创新平台；
5、负责气象科技情报服务工作；
6、承担突发气象灾害和公共事件应急气象保障服务的相关工作；
7、按照云南省决策气象服务中心要求，提供决策气象服务产品。